En el año 2000 se registraron las colisiones de los buques Ciudad de Ceuta y Ciudad de Tánger, así como el del Mar Rocío y SKS Trinity . En 2001 la nómina se incidentes se agrandó con el Euroferrys Pacífica y la colisión entre
Indalo y Al Mansour.
Ya en 2003, el Spabunker 4 naufragó en aguas de la Bahía. Mientras, en 2005 se registraron dos incidentes con vertidos provocados por los buques Eileen y Berge Frost. A estos se sumaría en 2006 la colisión entre Avemar 2 y Atlas.
El año 2007 comenzó con el encallamiento del Sierra Nava en Punta San García, la colisión del Samothraki con el fondo marino de Gibraltar y el choque entre el New Flame y Tom Gertrud, también en aguas que rodean al Peñón.
El año siguiente tuvo como su peor jornada al 11 de octubre, cuando se produjeron incidentes con el Mar Victoria, el
Tawe y el Fedra, debido al temporal. Finalmente, el Ropax 1 colisióno con la monoboya de Refinería en diciembre.
En 2009 cuatro buques provocaron otros tantos incidentes, a saber, el Zein , el MSC Shenzhen, el Vemaoil IX y el Vemaoil XXI. El último incidente registrado en aguas de la Bahía lo provocó el Rhea tras varar en la playa de El Rinconcillo.
