El museo está incluido en el centro de recepción de visitantes de Medina Azahara de Córdoba, que fue inaugurado el 9 de octubre de 2009 por la reina Sofía y concebido por los arquitectos Fuensanta Nieto y Enrique Sobejano como si fuera obra de un arqueólogo, es decir, excavándolo bajo tierra, como si el paso del tiempo lo hubiera mantenido oculto hasta la actualidad.
Con 7.293 metros cuadrados construidos distribuidos en tres plantas, este espacio pretende facilitar la comprensión y desarrollar a todos los niveles la potencialidad del yacimiento arqueológico.
Se dotó al edificio de un área cultural, expositiva y didáctica, compuesta por un auditorio, una exposición permanente de 162 piezas que muestra la historia de la ciudad califal, con recursos interactivos y audiovisuales, una biblioteca y un aula didáctica.
También cuenta con un área de conservación e investigación, en la que se encuentran los almacenes, que guardan las colecciones de materiales arqueológicos, unos talleres de restauración y un centro de documentación.
Los arquitectos distribuyeron todas estas dependencias en torno a cinco patios, que proporcionan luz natural a los espacios, construidos con hormigón blanco visto, encofrado de tabla de madera, cubiertas de acero cortén y patios de piedra caliza, recordando los colores originales de la ciudad palatina.
El museo muestra piezas diversas, desde una caja de marfil hasta una colección de metales pertenecientes al utillaje agrícola y doméstico y otras emblemáticas, como el "cervatillo" de Medina Azahara.
Todo ello, repartido en las cuatro secciones que se dedican a la "Arquitectura dentro de la arquitectura", "Planificación y estructura", "La ciudad y sus habitantes" y una cuarta en la que se expone lo relativo a la destrucción de Medina Azahara y su posterior recuperación.
Medina Azahara, considerada una de las cumbres del arte islámico, es una ciudad de 112 hectáreas de superficie que fue mandada construir por el primer califa de Al-Andalus, Abd al-Rahman III, entre 936 y 940 y llegó a convertirse en la capital de Al-Andalus, aunque durante la guerra civil del califato omeya se inició su abandono y saqueo y sus restos fueron utilizados como cantera para otras construcciones.
El Museo de Medina Azahara compite con otros 18 proyectos arquitectónicos, como la rehabilitación de la mezquita de Al Qaraouiyine, de Fez (Marruecos); los humedales de Wadi Hanifa, de Riad (Arabia Saudí), la Universidad Americana de Beirut (Líbano) o la fábrica textil Ipekyol, de Edirne (Turquía).
La escuela puente de Xiashi (China); el edificio residencial Dowlat II de Teherán (Irán); o la Mezquita Chandgaon de Chittagong (Bangladesh) son otros de los rivales del museo de Medina Azahara en la XI edición de este concurso arquitectónico, que se falla el miércoles en Qatar y tiene una dotación económica total de 500.000 dólares.
Hasta la fecha, proyectos como las Torres Petronas de Kuala Lumpur (Malasia), las casas patio de Agadir (Marruecos), el Museo Nacional de Doha (Qatar) o la restauración de la mezquita Al-Aqsa de Jerusalén (Israel) han sido distinguidos con este galardón que se entrega cada tres años.