La Sala II del TPIR, con sede en la ciudad tanzana de Arusha, consideró a Rukundo responsable de participar en la matanza de civiles de la etnia tutsi en la prefectura ruandesa de Gitamara durante el genocidio ruandés, en el que cerca de un millón de tutsis y hutus moderados fueron asesinados en cien días de 1994.
La “condición de clérigo, muy conocido en la comunidad, y la amplia educación” del condenado han sido considerados factores “agravantes” por el Tribunal, que estimó que Rukundo “abusó de su autoridad moral e influencia para promover el secuestro y asesinato de refugiados tutsis”.
Entre mediados de abril y finales de mayo de 1994, Rukundo participó, al menos en cuatro ocasiones, según la sentencia del tribunal, “en el secuestro y asesinato de refugiados tutsis” en un seminario de la prefectura de Gitarama, en la zona centro de Ruanda, donde también se le ha responsabilizado de “atacar sexualmente a una mujer”.
El sacerdote, de 50 años, era párroco de la comunidad de Kanyanza, en la prefectura de Gitarama, y se convirtió en capitán y capellán militar de las Fuerzas Armadas Ruandesas en 1993.